文獻資料顯示馬祖境天后宮於清朝嘉慶年間就已經興建，大約每20年修繕一次，現今廟宇為2002年新建，最特別之處在於廟中有媽祖的靈穴，當地人稱為「肉身靈穴」，同時媽祖也是馬祖人的信仰中心。
馬祖境天后宮是馬祖地區香火最鼎盛也最氣派的廟宇，又稱為馬港天后宮，柱頭使用四千多塊斗形木塊，為宮殿式建築，氣宇恢弘、整體莊嚴，結合兩岸三地工匠共同完成，龍柱石刻、浮雕門神等裝飾手法華麗而講究，天后宮中供桌前方的石棺，相傳便是媽祖娘娘聖體奉安的處所，近年，媽祖為了體恤觀光客，才顯靈同意讓廟方在靈穴上覆蓋強化玻璃，四周加上石刻神龍守護。
馬祖境天后宮是馬祖地方的守護神，每年媽祖農曆生日時，都會舉辦盛大的慶祝及繞境活動，當晚燈火通明，鞭炮聲不絕於耳，廟會氣氛濃厚，是當地一大盛事。2009年3月，馬祖籍畫家及登山家李小石，帶著媽祖金身爬上喜馬拉雅山，讓祂成為第一尊登上聖母峰的神明，該尊金身現在正供奉在馬祖境天后宮，供信眾參拜。