在臺灣，曾經為了大陸新版護照把臺灣納入中國知名觀光景點引發「主權」爭議。對此，陸委會曾允諾會與相關單位進行研議，未來大陸民眾若持新版護照來台，政府可能禁止對方入境。
對此，有識之士認為陸委會的反應有點莫名其妙，也毫無意義；換言之，根本就是隨「臺獨」主張在起舞，這不但是背離中華民國憲法所主張的「一中」，還可能讓兩岸和平發展產生變數，再者大陸方面根本不予理會。
識者認為最好的辦法是，未來將大陸與臺灣版圖同時印在中華民國的護照上，如此一來，維護中華民國百年法統，二來，宣示我國固有疆土主權，更重要的是，符合目前臺灣方面所實行的「一中各表」政策！