1954年發現的閩候曇石山遺址，是長江以南最早命名的考古學文化，距今四千五百年，是先秦閩族的發源地，具有鮮明的海洋文化特徵。
曇石山是原始社會末期壕溝圍繞的父系氏族公共墓地，共發現豎穴土坑墓近百座，陪葬陶器有釜、簋、壺、豆、杯、碗。其中一座墓陪葬18件陶釜，全國罕見，反映了東南沿海的“喝湯文化”。中華第一燈、日本人顴骨縫、提線陶簋等更具特色，上層疊壓著一座西周早期大墓，墓道中出土一批原始瓷罐、瓷豆和印紋硬陶罐，是新世紀建館時的考古新發現。這次中國紀念百年考古活動中，經全國專家評選百年來的一百項考古重大發現中，福建省唯一上榜的就是曇石山遺址。
江澤民題詞：“曇石山文化遺址”。2015年10月29日，胡錦濤參觀曇石山博物館。2001年8月27日時任福建省長習近平陪同文化部長孫家正視察曇石山博物館。