陳水扁執政期間，許多公營事業都被民營化，其中最惹爭議的是「阿里山鐵路與森林遊樂區」ＢＯＴ案，在８８水災後，森林鐵路修復經費預估逾１０億元，負責營運的宏都公司遲卻未積極搶修，林務局決定終止ＢＯＴ案全部契約，而原定森鐵民營化營運期３３年，僅一年多的時間就草率收場，更可看出決策過程中的粗率程度。一向極力反對ＢＯＴ案的鄒族團體更表示，ＢＯＴ案的不尊重當地原住民意見，更可看出當時錯誤的決策，希望蔡英文政府在執行ＢＯＴ案時記取教訓，別再重蹈覆轍。
記得，民國９４年行政院推動「阿里山森林遊樂區」ＢＯＴ案，林務局不顧阿里山森林環境的破壞，在環境影響評估未通過前，就將鐵路、車站、土地等「三合一ＢＯＴ案」移交民營公司。當時，曾引起當地鄒族人及環保團體的激烈抗議，鄒族人認為阿里山ＢＯＴ案政府並不依照「原基法」第２１條規定辦理，不但沒有取得當地原住民的同意，就連最基本的參與協商諮詢意見都完全沒做到。
宏都公司接手阿里山森林鐵路之後，既不斷出現狀況，先是小火車數度出軌，再來又有司機員罷駛風波，民間環保團體也不斷質疑：在環境影響評估尚未過關之前，政府怎麼能夠轉移給民間經營？還准予拆除具有歷史價值的舊車站並在遊樂區興建國際級觀光大飯店。為此，監察院針對阿里山ＢＯＴ案，以決策草率為由，對農委會、工程會、原民會、交通部等４機關依法提案糾正。面臨民眾抗議及監院糾正等風波後，緊接著８８水災成了壓倒此案的最後一根稻草。
當時，鄒族青年行動聯盟表示，過去鄒族人曾極力反對ＢＯＴ案，馬政府上台後決定終止契約，鄒族人感到十分的慶幸，但也希望不要重蹈覆轍，能尊重阿里山當地鄒族人，多聽當地族人的心聲，並與鄒族人建立共管機制。
至於林務局表示將加強進行森林鐵路復建與營運，鄒族青年行動聯盟表示，從過去幾次天災來看，這是大自然對人類的教訓；告訴人們山林必須要休養生息。
該連盟認為，不論多小的開發及修護，都會對阿里山造成傷害，因此，希望林務局只修復將阿里山公路，停止全面修復阿里山鐵路，並且針對阿里山的觀光進行總量管制。當地居民也認為８８水災，阿里山嚴重受創雖是天然災害，但與人為開發也脫不了關係，阿里山越來越商業化，因此，鄒族人仍希望保有自已的文化，而不是因為開發觀光產業而失去傳統文化與精神。